Společnost Per Partes Consulting vznikla v lednu roku 2001 jako iniciativa vedoucího partnera divize Ernst & Young Consulting v České republice Petra Hujňáka a
IT-managera Ernst & Young Jaroslava Hujňáka. Impulsem pro vznik společnosti byl celosvětový prodej divize Ernst & Young Consulting (36.000 pracovníků) společnosti Cap Gemini, která se rozhodla v této době nepodnikat ve středovýchodní Evropě včetně ČR. Již tehdy oba zakladatelé společnosti Per Partes předjímali, že přijdou krize, rozpuštění či prodeje divizí Consulting u tehdejší velké pětky poradenských firem. Příležitosti se tak nabídly v prudce rostoucím konzultačním businessu společnostem postavených na jiných filosofických základech a přístupech. Společnost Per Partes se vydala vlastní cestou.